Megaman a vaincu le professeur Wily et a ramené la paix dans le monde. Cependant, le Dr Sergueï Cossack, scientifique renomé, créé 8 robots pour défier Megaman. On apprendra que Cossack combattait contre son gré puisque Wily avait envoyé Proto Man pour enlever Kalinka, fille de Cossack, et donc que Wily etait une nouvelle fois derrière tout ça. Megaman pour sauver la terre, pourra compter sur l’aide d’Eddie et de son nouveau Mega-Buster.

Il est de tradition que chaque nouveau volet de la série apporte une nouveauté. L’apport notable de ce 4e volet est le Mega Buster. Cette amélioration permet à Megaman de charger son tir pour lancer une salve plus puissante (équivalent à trois fois votre arme normale).

Outre le Mega Buster, Megaman peut trouver 2 nouvelles options au cours du jeu.

Le Grappin (Wire) permet à Megaman de s’agripper au plafond et atteindre des plateformes en hauteur.
Le Ballon (Balloon) n’est pas vraiment une nouveauté, puisqu’il s’agit en fait de l’objet n°1 de Megaman 2 : Megaman peut créer des plateformes volantes temporaires.
Megaman 4 conserve malgré tout toutes les options de Rush, le chien-robot de Megaman apparu dans Megaman 3, ainsi que la glissade.

Enfin, un petit robot, Flip-Top (Eddie, selon les versions), est envoyé par le professeur Light dans des endroits précis du jeu pour fournir à Megaman des objets en tous genre. Selon le hasard, ce robot de soutien peut ainsi vous donner aussi bien des vies supplémentaires que des capsules d’énergie.

La formule Megaman s’applique toujours ici : le joueur peut choisi un niveau parmi les 8 proposés au départ. À la fin des niveaux se trouve les habituels boss de fin que Megaman doit vaincre afin de récupérer les pouvoirs, mais aussi pour activer de nouvelles aptitudes pour Rush (battre Drill Man pour le Rush Jet, et Toad Man pour le Rush Marine).

Une fois les 8 robots vaincus, le joueur aura accès à la forteresse du professeur Cossack, qui se divise en 4 niveaux.

Une fois le professeur Cossack battu, le jeu continue. Dans un revirement scénaristique, Megaman découvre que le chercheur Cossack n’était finalement qu’un pion, travaillant à contrecoeur pour le professeur Willy. Le joueur doit donc traverser 4 niveaux supplémentaires pour aller en finir avec le véritable antagoniste.

Au total, le jeu compte donc 16 niveaux.

Ring Man, Dive Man, Skull Man, Pharaoh Man, Bright Man, Toad Man, Drill Man et Dust Man sont les 8 nouveaux robots que doit combattre megaman.

Megaman 4 reprend exactement la formule des épisodes précédents avec huit robots à éliminer, leurs armes à récupérer et bien entendu une forteresse à ébranler dans ses fondations. Aucune nouveautés, assez difficile, notamment a cause du fait qu’il n’y ai qu’une arme pour tuer chacun des robots.