Un tournoi international de robots est organisé par un énigmatique commanditaire, Monsieur X. Megaman et le professeur Light sont conviés à assister à ce tournoi. Tout se passait bien jusqu’à ce que les 8 finalistes soient reprogrammés à la fin du tournoi par M. X, qui annonce alors ses intentions : conquérir le monde.

Megaman part donc défier M. X.

Megaman 6 étant un des tous derniers jeux de la NES , on peut remarquer que Capcom a exploité au maximum les possibilités du support. Le jeu offre des graphismes fins, détaillés et colorés.Capcom prévoyait de ne pas le distribuer en Occident. C’est donc Nintendo qui s’en est chargé..

Dans ce volet, les aptitudes de Rush, le chien-robot de Megaman, disparaissent et font place à des adaptateurs pour Megaman. Rush se transforme ainsi en 2 types d’armure:

  • Jet Megaman: Cet adaptateur permet à Megaman de voler durant un court laps de temps.
  • Power Megaman: Grâce à cet adaptateur, Megaman donne des coups de poings et peut défoncer des murs fissurés.

Une fois encore, le joueur doit vraincre les 8 robots du jeu, et ce, dans n’importe quel ordre, afin de récupérer leur arme respective.

Tout comme dans Megaman 5, le joueur doit reconstituer les quatre parties de l’oiseau Beat, un compagnon robotique qui attaque les ennemis et les bosses.

Dans les niveaux de Knight Man, Centaur Man, Yamato man et Tomahawk Man, il faudra ainsi trouver une route plus difficile d’accès pour affronter les bosses en question et obtenir un morceau de l’oiseau Beat (matérialisé par une lettre B, E, A et T). L’utilisation de Jet Megaman ou de Power Megaman permet de trouver les passages secrets en question.

Lorsque tous les robots ont été vaincus, Megaman peut entrer dans la forteresse de M. X. À l’instar des précédents jeux, la forteresse se subdivise en 4 niveaux.

Une fois M. X vaincu, Megaman découvre que le tyran n’est nul autre que le professeur Wily, l’incontournable méchant de la série.
Les robots master

Robot Description
Blizzardman Il fait tomber de la neige du ciel
Centaurman Un centaure mécanisé qui fonce d’un coin à l’autre de la pièce, en utilisant un flash paralysant semblable à celui de Flash Man de Megaman 2 et Bright Man de Megaman4
Flameman Il lance des flammes et fait jaillir des geysers de feu. Un mélange entre Fire Man du premier Megaman et de Heat Man de Megaman 2
Knightman Le robot-chevalier utilise une masse d’armes, qu’il lance également sur Megaman
Plantman Le robot-plante se protège grâce à une barrière de fleurs. Ressemble fortement à Wood Man de Megaman 2
Tomahawkman Le robot-indien lance des haches et des plumes
Windman Il lance des tornades et utilise ses ventilateurs pour souffler du vent. Ressemble à Air man de Megaman 2
Yamatoman Le robot-samouraï utilise un bâton et lance des piques